Fakulta se člení na 6 kateder (aplikované geoinformatiky a územního plánování, biotechnických úprav krajiny, ekologie, aplikované ekologie, geoenvironmentálních věd, vodního hospodářství a environmentálního modelování), které pokrývají celou oblast vzdělání a vědy na fakultě. Fakulta, dle Boloňské deklarace, realizuje plně třístupňový systém studia. Spojuje v sobě ekologickou a krajinářskou část.

FŽP rovněž zajišťuje výuku ve třech distančních střediscích – v Litvínově se střední školou Schola humanitas, v Karlových Varech a v Březnici (Příbram).

Katedry:

Katedra aplikované geoinformatiky a územního plánování

Katedra biotechnických úprav krajiny

Katedra ekologie

Katedra aplikované ekologie

Katedra geoenvironmentálních věd

Katedra vodního hospodářství a environmentálního modelování